Hermano Mayor de la Santa Caridad (1663)
En el cabildo que celebra la Hermandad el 27 de diciembre de este mismo año de 1663, Miguel Mañara es elegido hermano mayor de la misma. Todos los años sería confirmado en el mismo cargo hasta su muerte en 1679 y en este tiempo, además de dar un gran impulso a la cofradía iba a convertirla, y el mismo con ella, en la gran limosnera de la ciudad, ayuda y consuelo de pobres, enfermos y necesitados.
En un primer momento se preocupa de la reforma interior de la Hermandad y de renovar la vida espiritual de los hermanos. A seguido, y ante una nueva propuesta que les hace, puede dar comienzo, finalmente, al primer hospicio adherido a la Santa Caridad de Sevilla. Lo inaugura en septiembre de 1664 en uno de los almacenes que ha podido conseguir de las reales atarazanas, que él mismo adecenta y aprovisiona de suficientes mantas y tarimas para los pobres, alguna que otra cama para los más enfermos, y de lumbre y un poco de alimento para todos. En el hospicio pasarán las noches, atendidos por los hermanos de la Caridad, los pobres más desamparados, mientras los enfermos, una vez recogidos, eran llevados a la mañana siguiente, en las sillas de mano de la cofradía, a los diversos hospitales de la ciudad.

EI 10 de enero del siguiente año, Miguel Mañara redacta una serie de disposiciones por las que se irá rigiendo en adelante el nuevo hospicio, en el orden tanto espiritual como material. El mismo se encarga de buscar las necesarias limosnas y de su patrimonio ayuda con grandes sumas a mantener la fundación.
En 1666 renuncia al cargo de provincial de la Hermandad en Sevilla para dedicarse exclusivamente a su otra Hermandad de la Santa Caridad, a sus pobres y enfermos necesitados. En pocos años logra reunir a unos 500 hermanos, a quienes hace que lleven vida “como de religiosos”, ejerciendo sobre ellos una verdadera y aprovechada dirección espiritual. En adelante, iría convirtiéndolos en los apóstoles de la caridad en Sevilla.