De unos años antes -concretamente   desde   1667-  habían   venido aquejando al Siervo  de Dios graves  dolores  de  hijada  y  de  riñones, que a veces  le ocasionaban fiebres  más o menos  violentas. 

El frio invierno de 1679 y la peste que iba asolando  entonces  a la ciudad  hacen  que éstas se recrudezcan y le vayan poniendo en trance  de muerte, a lo que se unían unas  grandes “ansias de ver a Dios”  que continuamente  manifestaba.

A primera hora   de la tarde del 9 de  mayo 1679,  ante víspera  de  la Ascensión del Señor,  y después  de haber recibido  solemnemente  el  Viatico,  moría  plácidamente Miguel Mañara a los  52 años  y 4 meses  de  edad;  16 años había   venido   rigiendo  la  Hermandad  de  la  Santa Caridad  como hermano mayor.

Al día siguiente, con un “concurso de  pueblo  innumerable”,  se dio sepultura al “varón santo”,  “padre de los pobres”  y “espejo  de  santidad”  como  ya  entonces le llamaban. 

Como el mismo había  pedido,  fue enterrado a  la  entrada de  la  iglesia  de  la  Caridad,  sin  ataúd y  en  la tierra desnuda.  Sobre   su sepulcro se inscribieron las siguientes  palabras,  que  había  redactado también  de su  mano:   “Aquí  yacen los  huesos y cenizas  del peor  hombre que  ha  habido  en  el  mundo.  Rueguen a Dios por él”.

En su testamento, luego de cumplir con todas sus obligaciones, dejaba el resto de sus bienes “a mis hermanos de la Santa Caridad para  que  lo gasten  en  el sustento de los pobres  enfermos y leña para que  se  calienten  los  pobres  peregrinos”.

El día 19, viernes,  se  tienen  las  honras fúnebres en  la  catedral, a  la vez que  se inicia  en  la  Caridad  un  novenario de  misas  que  fueron  celebrando,  por turno,  las  diversas órdenes  religiosas. Igualmente se hacen funerales en  las  diversas  Hermandades  que,  como  hemos  visto,  se  habían  venido  afiliando a  la  de  Sevilla.

Como los hermanos quisieran dar al Siervo  de  Dios una más  decente sepultura,  y una  vez  que  fueron reconocidos  los  restos  mortales el  9 de julio  siguiente, el 9 de  diciembre del  mismo  año  los  trasladaron,  todavía incorruptos y sin  señal  alguna  de  descomposición,  a una  bóveda debajo  del presbiterio  de la iglesia,  en el lado  derecho  del  altar.

Su fama de santidad fue proclamada casi  desde  el  día  de  su  muerte por  sus  contemporáneos.  Reunidos en cabildo los hermanos de la  Caridad  el mismo  día  del  entierro, ya  hablan de él  como   del  siervo de  Dios “que  ejercitó en grado heroico las virtudes”,  de  sus  “heroicos  ejemplos de  caridad”,  de  “nuestro venerable hermano  mayor”. Ese mismo año empieza a escribir su vida el P. Juan de Cárdenas, S.J., y la publica luego  en  el  mes   de  marzo  siguiente  bajo   el  título  de  Breve  relación  de  la muerte,  vida y virtudes  del Venerable caballero Miguel de Mañara. En ella recoge los  testimonios más  inmediatos y directos de  su  vida  de heroica santidad.