Con las   primeras limosnas   que   recibe, inicia  en  ese  mismo  año la construcción  de  la  nueva  iglesia   en  el  solar  de  la  antigua  capilla  de San  Jorge.   Finalizada la obra el 16 de  marzo  de  1670, seria  inaugurada solemnemente el  16  de  julio  de  1674.  En ella colaboran,  por lo  que  se refiere  al  retablo  mayor,  a  las  capillas   laterales  y  a  las  pinturas  que la adornan,  maestros de  talla  universal como  Bartolomé Esteban   Murillo,   Juan  de  Valdés Leal,  Bernardo Simón  y Juan Roldán.  Todo lo daba   el  Siervo  de Dios  para la  grandeza y mayor honra de  Dios,  nuestro  Señor.

Poco a poco va ampliando también el hospicio  y a principios de 1672 propone a  los  hermanos la  construcción de  una  nueva enfermería,  que serviría  de  principio para  el  futuro  hospital.   Por este   tiempo   suelen reunirse a veces más  de  500 pobres y peregrinos y se  atendía  a  20 enfermos incurables, que  no  eran  admitidos en  los  demás  hospitales.  El 14 de junio del siguiente año, sus  “muy  amados señores y hermanos  los pobres”   tomaban posesión   de   la   nueva   enfermería,   trasportados   en brazos  por  el  Siervo  de  Dios y hermanos  de  la  Caridad.  El 6 de enero se había  podido  decir  la  primera  misa  en  el  nuevo  hospital;  ya  eran 50 las  camas que  había  y éstas irían  aumentando en  adelante.

Como fuera   extendiéndose la fama de  la  Caridad  de  Sevilla  y  de  la obra  que  iba  realizando  Miguel Mañara,  a ella  se fueron  afiliando  no pocas  Hermandades de las  ciudades  vecinas:  las  de Utrera  (1667),  Cádiz y Carmona  (1670), Gibraltar (1671),  Coria  del  Rio  (1673),  Rota  y  Marchena   (1674), Antequera y  Ayamonte (1675) y  villa   de  Fuentes  (1677).

A alguna   de ellas, por ejemplo  a la  de  Antequera,  escribiría  largas   cartas  el Siervo de Dios, auténticos documentos sobre  la caridad cristiana.

En 1673 él mismo instituye en el hospicio  los  Hermanos de  Penitencia, una  especie de pía unión religiosa, dedicada al servicio de los enfermos y de los pobres  que  se recogían. La pía unión es aprobada por el vicario  de la  diócesis hispalense  el 9 de noviembre  del mismo  año.

Poco a poco, con las grandes limosnas que  iba  recibiendo  y  con  lo que  iba aportando  de su propio   patrimonio  (que algunos calculaban   en unos  20.000 ducados  de  renta  al  año),  se  fue  convirtiendo en  el  gran limosnero  de  la  ciudad.  Desde 1671 a 1679 vino  a  repartir   entre  los pobres  -de los  que  llevaba  listas distribuidas por  barrios,  parroquias y conventos- la considerable  suma  de 5.818,113  reales de vellón. En la peste que aqueja a  la ciudad  en  1678-79  sabemos que  repartió  más  de 100.000 ducados;  de  18.000 a  20.000  eran   las  raciones  de  pan  que  solía distribuir  entre  los  pobres  en cada  sesión.  No pocas veces eran donantes desconocidos  quienes  ponían  en  sus  manos  sumas  de  gran  importancia.  Personalmente, y en  manera   reservada  y secreta,   ayudaba   a personas  vergonzantes   de  la  ciudad,  daba   dinero  para   dotes  de  doncellas pobres  o que podían estar en peligro y a las que deseaban entrar  de religiosas. Las mismas autoridades públicas recurrían a veces a Miguel Mañara para que realizara,  en su nombre,  obras  externas  de beneficencia.

Gran ayuda prestó asimismo  en  las  dos  grandes   misiones  que   se hicieron  en  Sevilla  en  1672 y  1679, bajo  la  dirección  del  P. Tirso  González, S. J.

A la labor que  realizara con la Hermandad  se debía, en gran parte,  la  conversión y  la  recepción  del  bautismo  de  numerosos de los entonces denominados “moros” de la ciudad.